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半年以上とは長すぎますので、まずは改めて正確に診断を下すことからはじめたほうが近道かもしれません。
臓器の働きからシンプルに考えると、慢性的な消化不良は主に膵臓の問題を持っている場合がおおく、慢性的な吸収不良は腸に問題があることが多いです。ただし、消化不良なものは吸収不良を起こしてしまうので、これらを検便で区別することは困難になります。寄生虫がいないようでしたら、それを確認するだけで十分な検査だと思います。超音波検査で腫瘍の可能性がないか確認し、腫瘍でなければ補助的に血液検査を行い仮診断を付け、飲み薬+食事療法で管理を目指すことは妥当な治療だと思われます。
ただし粘膜+血液の組み合わせは大腸の異常である可能性から考えることを忘れてはいけません。特にミニチュアダックスには大腸にポリープができることが時々あるので、念のため直腸検査をしていただくと良いと思います。直腸検査は麻酔も不要ですし、手袋と指でできるため安全かつ安価です。ちなみに大腸ポリープは外科手術が必要なこともあります。
診断によって治療は大きく変わりますので、正確に病状を把握することが大切です。
あとむ君が一日でも早くよくなることを願っています。